Từ trong quá khứ, mối quan hệ Nhật Bản – Nga đã là một mối quan hệ phức tạp. Cho đến ngày nay, cho dù đã được cải thiện song tính phức tạp đó vẫn còn hiện diện. Có lẽ tranh chấp lãnh thổ vẫn là nguyên nhân chính. Các quan hệ ngoại giao, chính trị, an ninh và kinh tế giữa hai quốc gia luôn xoay quanh vấn đề nhạy cảm đó.